Med unntak av ruinene etter Maria-kirken og deler av vollen som gikk rundt gamle Borg, forsvant alle spor etter den gamle byen i det store leirraset i 1702, som også tok med seg den gamle herregården Borgargardardr (eller Borgargjerdi, senere Borregaard). I 1839 fikk Sarpsborg fornyet bystatus, med basis i tettstedet Gleng og fergestedet Sannesund (også kjent på folkemunne som «Pæddekommen»).

Sarpsborg ligger sentralt plassert der Glomma stuper ut i Sarpsfossen, og hvor farende folk i tidlig tid måtte ta veien over land på grunn av fossen. Hovedgrunnen til at byen ble gjenopprettet var likevel sagbruksdriften ved fossen, og det faktum at det var blitt mulig å seile med havgående skip helt inn til Sandesund. Borgerne ved Sarpsfossen hadde dermed ikke lenger behov for å bruke havnen i «den andre byen».

Sarpsfossen var fra 1500-tallet knyttet til sagbruksdrift, med sagbrukene på Hafslund og Borregaard som de mest kjente. Driften ga grunnlag for noen av Norges rikeste og mektigste familier i flere århundrer. Sagbrukene var i drift til slutten av 1800-tallet, men mistet fra 1860 betydning i sterk konkurranse med dampsagbrukene rundt «den andre byen».

I dag gir dette vannfallet energi til lavtrykksturbiner både for Borregaard og Hafslund. Borregaard bygde en kjempemessig pipe (Borregaardspipa) på 147 meter, som stod ferdig 5. februar 1976, som er blitt et landemerke for byen, og som lett kan sees fra E6 gjennom Sarpsborg. Denne pipa skal dessverre rives i 2008, for å gi plass til en ny, mindre pipe som er mer miljøvennlig.